سیدمحمد خامنه‌ای در پاسخ به شبهاتی درباره اعدام‌های اوایل انقلاب می‌گوید: علی‌رغم آنکه درباره محاکمات بی‌رویه و بی‌قانون در دادگاه‌های انقلاب مطالب زیادی گفته شده است، انقلاب اسلامی ایران کمترین کشتار انتقامی و انقلابی را داشت.
دیدارنیوز: پایگاه «مرکز اسناد انقلاب اسلامی» نوشت: هر انقلابی پس پیروزی در اولین گام اقدام به محاکمه سردمداران رژیم پیش از خود کرده و درصدد انتقام از آن‌ها برخواهد آمد. اعدام‌های اول انقلاب همیشه از شبهاتی است که در فضای رسانه‌ای بازنشر شده تا به وسیله آن نظام جمهوری اسلامی مورد هجمه واقع شود. اما واقعیت آن دوره تاریخی چیزی فرای این فضاسازی‌های تبلیغاتی است. آیت‌الله سیدمحمد خامنه‌ای از جمله افرادی است که در ابتدای انقلاب اولین گام‌ها را برای راه‌اندازی دادگاه‌های اسلامی برداشته است.
وی در پاسخ به این شبهات می‌گوید: «یکی از پدیده‌های جالب و ویژه‌ی انقلاب اسلامی ایران و رهبری یک روحانی مرجع تقلید و عارف و فیلسوف، طرز برخورد انقلاب با مجرمان و بقایای نظام شاهی بود و فرق فرهنگ اسلامی با دیگر فرهنگ‌ها را اینجا می‌توان یافت.
علی‌رغم آنکه درباره محاکمات بی‌رویه و بی‌قانون در دادگاه‌های انقلاب مطالب زیادی گفته شده است، انقلاب اسلامی ایران کمترین کشتار انتقامی و انقلابی را داشت؛ چه از طرف عامه‌ی مردم و چه از طرف مدیران و رهبران انقلاب و این حقیقت تاریخی موضوع و پدیده‌ی کوچکی نیست، در حالی که خشم ملی و انقلابی نزدیک سه دهه در دل‌ها ریشه کرده بود و مردم کشتارهای بی‌رحمانه‌ی شاه و ساواک را چه در خیابان‌ها و چه در زندان‌ها را فراموش نمی‌کردند.
در فرانسه علیه حکومت سلسله‌ی لویی‌ها انقلاب مردمی شد. خواندهاید که چگونه رهبران انقلاب و مردم تمام ارکان سلطنت و اتباع آن‌ها را با قساوت کشتند. هر کس را هم که اتهامی داشت یا به او سوء ظن داشتند اعدام کردند و به کسی رحم نکردند، قانون و شرع هم ملاک کارشان نبود.
در انقلاب اکتبر روسیه‌ی تزاری، مردم علاوه بر کشتن شاه همه‌ی خانواده و اتباع او و همه‌ی درباریان و روحانیون طرفدار شاه را هم به طرز فجیعی کشتند و به کسی حتی مشکوک‌ها و متهمین و کودکان رحم نکردند. اما انقلاب اسلامی شریفترین و سفیدترین و روسفیدترین انقلاب‌ها بود.
من بسیاری از کتاب‌های مربوط به انقلاب‌های جهان به‌ویژه انقلاب‌های چهارگانه‌ی فرانسه، انگلیس، روسیه و امریکا را خوانده‌ام و نیز کتابی را که درباره‌ی کالبدشکافی و تشریح این چهار انقلاب نوشته شده و به خصوصیات این انقلاب‌ها اشاره کرده دیدهام، خود من هم نوشته‌ی تحقیقی درباره‌ی جامعه شناسی انقلاب در ایران و جهان دارم. در این مطالعات آنچه هر خواننده و پژوهشگری را متعجب می‌کند فرق انقلاب اسلامی ایران و شکوه معنوی و عظمت باطنی آن با دیگر انقلاب‌ها و تغییرات و تحولات اجتماعی دیگر ملت‌ها و کشور‌ها و فرق ملت بزرگوار ما و رهبری حکیمانه‌ی ایشان و دین اسلام و فرهنگ ما با ملل دیگر است.
در سال ۱۳۵۹ من در رأس اولین هیئت سیاسی و دیپلماسی به کشور چین سفر کرده بودم. مقام چینی به‌عنوان نصیحت به ملت ما، می‌گفت که ما در هرج و مرج انقلاب فرهنگی کشورمان زیان بسیار دیدیم (مقصودش این بود که مانع خرابکاری‌های جوانان انقلابی و صدمه به مواریث فرهنگی بشویم). من به او گفتم وقتی جوانان انقلابی مسلح به امر امام خمینی، امنیت کشور را در دست داشتند چنان امنیتی در کشور حاصل شد که در هیچ دوره‌ی تاریخی در کشور ما سابقه نداشته! رئیس هیئت چینی به فکر فرو رفت و پس از لحظه‌ای با حالت خاص و صمیمانه گفت: شما ملت بزرگی هستید!
حتی رفتار‌های پاسداران جوان زندان قصر هم با زندانی‌ها ملایم و مهماننوازانه بود. روز‌های اولی که ما به زندان قصر وارد شدیم من ضمن بازدید بند‌ها (سالن‌ها)ی زندان به تعدادی کتری و قوری‌های فلزی برخوردم که دود زده بود و احتمالاً اداره‌ی زندان و زندانبان‌های سابق در اختیار زندانی‌ها قرار داده بودند که خودشان آب جوش بیاورند و چایی درست کنند.
اوایل که زندانی‌ها را در بند‌ها گذاشتیم جوان‌های مسئول حراست زندان به من گفتند برای زندانی‌ها مقداری کتری و قوری نو و تمیز لازم داریم. گفتم کتری و قوری به حد کافی در زندان هست. آن جوان با قدری تندی گفت، ولی آن‌ها دودزده است، حاج آقا خیلی زشت است که آن‌ها را بدهیم!
این فرهنگ و رفتار را مقایسه کنید با قواعد خشن و غیرانسانی دیگر زندانبانان دنیا و رفتار ساواک و حتی رفتار ایالات متحده و انگلیس و فرانسه و دیگر کشور‌های مدعی دروغین حقوق بشر با زندانیان عادی و حتی بی‌گناه.
موضوعی که شاید به اصطلاح طلبه‌ها «دفَعِ دَخلِ مُقدَّر» و پاسخ برخی سؤال‌های فرضی باشد این است که آیا نمی‌شد نظام اسلامی، پس از انقلاب خود را به موضوع اعدام و مجازات شدید افراد ضد انقلاب آلوده نکند؟ و با سماحت از مجازات یا خون همه‌ی آن‌ها بگذرد؟
پاسخ آن است که اولاً اکثریت مردم ایران که شاهد ستم دستگاه حاکمه بودند، اعدام شاه و درباریان و طرفداران آن‌ها و همه‌ی مفسدان را می‌خواستند و به مسئولان انقلابی فشار می‌آوردند. این انتظار آن‌ها خلاف شرع و قانون نبود، بلکه در بیشتر موارد عیناً با شرع و قانون انقلاب‌ها موافق بود و امام و مسئولان، دست کم برای پاسخ به این انتظار مشروع و معقول ملت بایستی در مجازات مفسدان و ضدانقلاب اقدام متعارفی انجام می‌دادند.
خود ما در مدرسه‌ی رفاه شاهد بسیاری از این انتظارات و ابراز آن‌ها از طرف گروه‌های مخلص ملت بودیم. مثلاً وقتی فرمانده هوابرد سرتیپ خسرو داد را به زندان آوردند، نظامیانی که جنایات او را می‌دانستند هر روز برای درخواست مجازات او به ما مراجعه می‌کردند تا بالاخره خلخالی او را اعدام کرد.
نمونه‌ی دیگر، عده‌ای یک افسر را که مدعی بودند به مردم حمله کرده قبل از ما به زندان آورده بودند. سرهنگی که مورد قبول مسئولان بود با دلایلی بی‌گناهی او را ثابت کرده و او را مرخص کرده بود. من دیدم این شخص را مردم دوباره گرفته و آورده‌اند و همه بی‌نهایت خشمگین هستند و آن سرهنگ باز از او دفاع می‌کرد، ولی مردم مجازات او را می‌خواستند.
سرانجام، مردم با ما اتمام حجت کردند و گفتند اگر او را دوباره آزاد کنید خودمان او را اعدام خواهیم کرد. ما هم او را محبوس و برای محاکمه آماده کردیم و آزادش نکردیم، چون برایش خطرناک بود. اگر نظام اسلامی دستگیرشده‌ها را محاکمه و اعدام و یا زندانی نمی‌کرد داخل کشور هرج و مرج می‌شد و باگناه و بی‌گناه کشته می‌شدند.
ثانیاً، حکمت دیگر این محاکمات و مجازات‌ها لزوم اجرای عدل و قانون متعارف شرعی و عرفی درباره‌ی مجرمان بود، چه مردم بخواهند و چه نخواهند. فقیه جامع شرایط و هر مقام قضایی رسمی مکلف است با شناخت مجرم و احراز جرم او را به مجازات برساند و عاطفه و احساس و رحم در اینجا برخلاف شرع و قانون است. «و لا تأخذکم بهما رأفة فی دین‌الله ...» [۱].
موضوعی که مورد توجه عامه‌ی مورخان قرار نگرفت این بود که به جز چند مورد استثنائی، در بیشتر موارد، قضاتی که کسوت روحانی داشتند به سختی دست‌شان به سوی مجازات‌های سخت می‌رفت، چون روحانیت به سبب آنکه سمت دولتی نداشته و با قشر و عموم مردم و درمیان آن‌ها زندگی کرده معمولاً اهل تسامح است و به عواطف مثبت و محبت و احسان رغبت بیشتر میدارد، لذا در محاکمات خود به سبب فشار مدعیان و قوت دلایل مجرمیت بود که اجباراً حکم شدید صادر می‌کردند و معمولاً هم در اولین فرصت از کار قضا کنار می‌رفتند.
پس، وجود احکام شدید قضایی و بیشتر مجازات‌هایی که در تاریخ انقلاب ما ثبت شده به دلیل جرایم سنگین محکومان و وظیفه‌ی قانونی و حتی شرعی قضات بود. البته اشتباهات معدودی از قضات تندرو را هم نباید نادیده گرفت و این در انقلاب‌های مهم طبیعی است و اصولاً انقلاب با نظم نمی‌سازد.
دلیل سومی که برای آن اعدام‌ها می‌شود یافت و از نظر تاریخ و جامعهشناسی می‌توان بررسی کرد آن است که بیشتر پاتک‌های نظامی و عملیات شبه‌نظامی و سیاسی و تبلیغاتی که در انقلاب اسلامی ایران و بر ضد آن در ایران و کشور‌های دیگر روی داد به دست کسانی بود که درباره‌ی مجازات آن‌ها تسامح یا اهمال شده بود.
در انقلاب‌هایی مثل روسیه و فرانسه، این اقدامات ضد انقلابی علیه ملت آن‌ها بسیار اندک و ناچیز و نادر بود، چون ملت بی‌رحمانه به متهمان معلوم و مظنون و مشکوک و مجرمان با یک چشم نگاه کرده و همه را در همان ایام اولیه‌ی انقلاب کشته و از بین برده بود.
اگر در اول انقلاب به نصیری‌ها و مقدم‌ها و خسروداد‌ها و رحیمی‌ها رحم کرده بودند و پس از چند سال تحمل زندان خوشخاطره و لذیذ در «هتل - زندان»، آن‌ها را آزاد کرده بودند، وقایع مهم و جنایات بزرگی به دست آن‌ها علیه ملت انجام می‌شد که ممکن بود تمام دستاورد‌های ملت را بر باد دهد. از این رو، قواعد اجتماعی و جامعهشناختی انقلاب هم حکم می‌کرد در ایران انقلابی افراد وابسته به رژیم شاهی که منشأ واقعی فتنه و فساد بودند بیشتر مجازات شوند و ماده فساد و فتنه از بیخ کنده شود.
اما بالعکس، دولت موقت و حتی برخی دولت‌های پس از آن عملاً عده‌ای از عوامل سابق ساواک و دستگاه‌های دیگر را که شریک جرم بودند با احترام، به کار دعوت کردند و به آن‌ها حقوق و اختیارات دادند و متأسفانه بسیاری از حوادث بعدی ضد ایرانی تا به امروز نتیجه اقدامات همین افراد و دستپرورده‌های آن‌هاست که از عفو و رحمت اسلامی بهرهمند شدند، ولی نمک‌خورده و نمکدان شکستند و به ملتی که به آن‌ها محبت کرده بود و به وطنی که آن‌ها را در دامنش پرورده بود خیانت کردند و هنوز هم «حکایت همچنان باقی است!».